Расстрелян 15 марта 1938 года на спецобъекте «Коммунарка» (бывшей собственной даче). Ягоду заставили наблюдать за расстрелом остальных осуждённых и казнили последним. 

Генрих Ягода с женой Идой Авербах, СССР, 1930-е.

В июне 1938 года вдова Ягоды была приговорена к расстрелу в «особом порядке», то есть даже без формального судебного приговора. Казнена 16 июня 1938 года вместе с группой руководящих сотрудников НКВД СССР и сестрами мужа Э. Г. Ягодой и Л. Г. Ягодой–Знаменской. Место захоронения — спецобъект НКВД «Коммунарка».