В конце сентября 1942 года японцы собрали 1816 британских и канадских военнопленных в Гонконге для доставки в Японию. Пленные были захвачены во время штурма японцами Гонконга в конце 1941 года. Кроме пленных на судне находились 25 японских охранников и 778 солдат.27 сентября 1942 года "Лиссабон мару" вышел из Гонконга.
На протяжении 4-х дней плавание проходило без происшествий, однако в ночь на 1 октября 1942 в шести милях от архипелага Чжоушань судно было обнаружено американской подлодкой "Групер"Групер" (USS Gruper, типа Гато, 1942 г.п., 2424 т, 21 уз/9 уз под водой (11000миль), рабочая глубина - 90 метров, 60 чел, 1-76мм, 1-40мм "Бофорс", 1-20мм "Эрликон", 6+4ТА-533мм (24 торпеды)). Капитан USS Grouper мог видеть только японские войска, поэтому утром 1 октября выпустил по транспорту 4 торпеды, из которых одна попала в цель.
Судно остановилось и стало тонуть. Японцы сняли солдат с судна, загнали заключенных в трюмы и попытались отбуксировать "Лиссабон мару" на мелководье, что не удалось. Примерно через сутки, без еды и воды, закрытым в трюмах тонущего судна заключенным удалось открыть один из люков. Сразу же началась паника, люди стали теснить друг друга в попытке добраться до узкого выхода.
В это же время японские охранники открыли по спасающимся огонь из пулеметов. Те, кому удалось доплыть до других японских судов были также встречены огнем и многие из них погибли.
Всего были застрелены и утонули более 800 военнопленных. Примерно 1000 человек были подняты на японские корабли и спасены китайскими рыбаками.
После войны британцы привлекли виновных японских командиров к ответственности. Капитан "Лиссабон мару" был приговорен к 7 годам заключения, переводчик Ниймори Дженичиро получил 15 лет, но основной виновник гибели пленных - командир охраны лейтенант Вада Хидео, который приказал закрыть люки и стрелять по британцам умер до того, как его предали суду.
Сегодня судно лежит на дне Восточно-Китайского моря на глубине 33 метра в 4 милях от острова Дунфушан, до которого его так и недобуксировали осенью 1942 года